O tym okresie w historii Polski, w sensie ogólnym i szczegółowym historii Kościoła na polskich ziemiach, wiemy bardzo mało. Chodzi o lata 1031-1039, nazywane czasem reakcji pogańskiej.
Z chwilą przyjęcia chrztu przez Mieszka I i jego drużynę w Wielką Sobotę 14 kwietnia 966 r. rozpoczął się proces chrystianizacji ziem polskich. Idąc za przykładem władcy, nową wiarę przyjmowali książęta. Właściciele grodów sprowadzali kapłanów, którzy obok zwyczajnej pracy duszpasterskiej, pełnionej w kaplicy grodowej, organizowali wyprawy misyjne wśród okolicznej ludności. Chrześcijaństwo zaczęło docierać do coraz szerszych kręgów społeczeństwa. Tego rodzaju działalność popierał bp Jordan, który stał na czele biskupstwa misyjnego w Poznaniu. Niezwykle ważnym wydarzeniem za czasów panowania Bolesława Chrobrego (992 – 1025) był zjazd gnieźnieński. Przy okazji pielgrzymki cesarza Ottona III do grobu św. Wojciecha w Gnieźnie w marcu 1000 r. ogłoszono powstanie polskiej prowincji kościelnej, którą tworzyły arcybiskupstwo w Gnieźnie oraz biskupstwa w Kołobrzegu, we Wrocławiu i w Krakowie. Stworzono w ten sposób zręby organizacyjne Kościoła w Polsce i osłabiono dążenia niemieckich hierarchów do narzucenia Polsce metropolitalnej zwierzchności.
Drugi król
Dzieło chrystianizacji kontynuował Mieszko II (1025-1034). Budował i uposażał kościoły, wypełniał tradycyjne obowiązki chrześcijańskiego władcy, opiekował się wdowami, sierotami, ubogimi, potrzebującymi pomocy. Zadbał o gruntowne wykształcenie swego syna Kazimierza, umieszczając go w jednym z zakonów. Pod koniec jego panowania doszło jednakże do poważnego kryzysu polityczno-społecznego, który wstrząsnął młodym państwem. W nieznanych bliżej okolicznościach w 1031 r. władzę przejął brat króla, Bezprym. Na skutek interwencji możnych doszło do buntu przeciwko królowej Rychezie i następcy tronu Kazimierzowi. Zmuszono ich do opuszczenia Polski.
Niszczone kościoły zabijani duchowni
Zamieszki nie ustały po śmierci Mieszka II w 1034 r. Najprawdopodobniej głównym ich powodem były zbyt duże obciążenia i trudna sytuacja materialna społeczeństwa. Podjęto wówczas próbę przywrócenia wierzeń i zwyczajów pogańskich. Nie sposób dziś rozstrzygnąć, czy był to efekt religijnych przekonań buntowników, czy skutek uboczny wystąpienia przeciwko elicie władzy, która jako pierwsza przyjęła chrześcijaństwo i wspierała proces jego rozszerzania. W każdym razie doszło wówczas do prześladowania duchowieństwa i niszczenia obiektów sakralnych. Ksiądz Jan Długosz zanotował: „W czasie owym nie oszczędzono ani świątyń, ani rzeczy poświęconych Bogu, ani sług Bożych, lecz drapieżnymi i zbrodniczymi rękami łupiono znaczniejsze i bogatsze kościoły i grabiono dobra kościelne. Znęcano się nad księżmi, zabijając ich różnymi sposobami. Jednych przebijano nożami lub dzidami, innym podrzynano gardła, jeszcze innych bezbożni ludzie, którzy wyrzekli się nie tylko wiary i religii, lecz także wszelkich ludzkich uczuć, kamieniowali, jakby jakieś ofiary. Ponadto niektórzy postanowili powrócić do pogańskich i bezbożnych obrzędów (…). Wiele także opuszczonych kościołów stało się legowiskiem dzikich zwierząt”.
Cios z Czech
W wyniku tej tzw. reakcji pogańskiej Kościół w Polsce doznał poważnych strat personalnych i materialnych. Wielu nieznanych z imienia biskupów i kapłanów zginęło, kościoły i klasztory zostały spalone lub zburzone. Dzieła zniszczenia dopełnił najazd księcia czeskiego Brzetysława. Z Gniezna wywieziono wówczas relikwie św. Wojciecha i wiele innych cennych przedmiotów. Najważniejsze jest jednak to, że pomimo sprzyjających okoliczności religia pogańska nie została przywrócona. Należy również dodać, że wystąpienia przeciwko nowej religii były wówczas w Europie zjawiskiem dość częstym. Przykładem mogą być Węgry, gdzie w 1047 r. doszło do gwałtownych rozruchów antychrześcijańskich, wywołanych buntem książąt Lewenty i Andrzeja, przeciw ówczesnemu królowi Piotrowi.
Mozolna odbudowa
W 1039 r. Kazimierz powrócił do Polski i rozpoczął dzieło odbudowy państwa i organizacji kościelnej. Główny ośrodek władzy przeniósł do Krakowa. Anonim zwany Gallem odnotował, że „monarcha całym sercem czcił święty Kościół”. Mógł on liczyć na wsparcie arcybiskupa krakowskiego Aarona. Założono wówczas opactwo benedyktyńskie w Tyńcu. W celu zintensyfikowania działalności chrystianizacyjnej sprowadzono z Niemiec duchownych. Przystąpiono do rozbudowy sieci parafialnej. Wznoszono nowe świątynie. Rozpoczęto odbudowę katedry w Gnieźnie, którą ukończono dopiero po śmierci Kazimierza, nazwanego dzięki tym zasługom Odnowicielem.
